Una noche, después de atravesar interminables campos de hierba, Sora llega a un cruce de caminos. Su mente nada con recuerdos de amigos perdidos, a quienes extraña muchísimo. Se suponía que regresarían a casa al final del viaje, pero no fue así.

Un hombre emerge de las sombras y le habla a Sora: "Más adelante está lo que buscas, pero para reclamarlo debes perder algo querido". Cuando el hombre desaparece, sólo queda un camino. Al final de ese camino se encuentra un castillo, y dentro de ese castillo se extiende una vasta nada. Los recuerdos de Sora yacían fragmentados ante él, arremolinándose y ascendiendo en espiral hacia una gran aventura. ¿Qué ganará Sora y qué perderá?

Kingdom Hearts Chain of Memories cierra la brecha entre Kingdom Hearts y Kingdom Hearts II, continuando la historia de Sora donde terminó el original.