En un terrible percance, Spyro, Sparx y el Profesor sin darse cuenta han abierto un agujero en el tejido del espacio entre los Reinos Rhynoc y Dragón. Ahora, a las órdenes del esquivo Ripto, hordas de Rhynocs están llegando a los Reinos del Dragón en otro intento de hacer la vida imposible.

Como Spyro, el Agente 9 o el Sargento Byrd, debes ayudar al Profesor a cerrar el agujero rápidamente antes de que la puerta se vuelva demasiado grande y los dos reinos se fusionen, de forma permanente. Puedes usar las nuevas habilidades de Spyro, incluido Head-Butt Slam, Cyclone Attack, Phoenix Vision y más.