Después de la aparente muerte del Dr. Eggman, Sonic y sus amigos se separan durante dos años hasta que Knuckles es secuestrado por una organización misteriosa llamada Los Merodeadores.
Lucharás contra robots, animales salvajes y extraterrestres en combates por turnos, subiendo de nivel y usando Rings para adquirir nuevos ataques especiales a medida que avanzas por 20 áreas diferentes con una estética especial dibujadas a mano.